Я тоже никого не хочу обидеть...
В данном конкретном случае CombiLoader читает в BSL и сохраняет флеш в соответствии с физической адресацией памяти. А KTAG пропускает эту область, и в конце файла "добивает" до правильного размера FF. Предполагаю, что вы считывали файл именно этим прибором...